Masaru Daimon é um estudante de 14 anos invicto em batalhas, embora lhe falte habilidade com computadores e tecnologia. Um dia ele encontra Agumon, um Digimon que escapou da DATS (Esquadrão de Tácticas para Acidentes Digitais) uma organização secreta do governo. Apesar das terríveis primeiras impressões, os dois tornam-se grandes amigos. Junto a outros membros do DATS, o trabalho de Masaru, Agumon e dos seus amigos Touma e Yoshino é investigar vários incidentes envolvendo os Monstros Digitais pelo mundo real e fazer com que ambos os mundos vivam em paz.